1861年11月，将载垣、端华、肃顺等革职拿问。十月，又接连发出上谕，授恭亲王奕訢为议政王。
随后，慈禧太后等迅速捕杀了载垣、端华、肃顺，其余五大臣革职治罪，
将载垣等人拟定的 皇帝年号“祺祥”改为“同治”。慈禧太后夺取了实际的最高统治权。
1862年正月，下谕命曾国藩、左宗棠保住衢州。命曾国藩调兵遣将保卫上海不受太平军的侵扰。
1863年二月，左宗棠率军克复浙江的金华等地。川军在四川大渡河围剿太平军的石达开，将其击破。
1865年，英国汇丰银行在上海开设分行，外国银行开始操纵中国金融市场。
1868年二月，退役驻华公使浦安臣率“中国使团”出访美国、英国、俄国、法国、普鲁士等国，
是为中国使团首次出访国外。
由于慈禧太后贪恋权力，她以同治帝“典学未成”为由，拖延载淳亲政时间。直到1872年10月，
才为自己十七岁的儿子载淳举行了大婚典礼，慈安太后提议以阿鲁特氏为皇后，慈禧太后主张以富察氏为皇后。
同治帝本人喜欢前者，同治帝便以阿鲁特氏为皇后，富察氏为慧妃。
1874年正月，重修圆明园的工程正式开工。
1874年二月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。三月，日军侵略台湾。
公历1875年1月，同治帝逝于养心殿，享年19岁。谥为“毅”，庙号穆宗。
在商量继承嗣位的人选时，贪恋皇权的慈禧为了日后能名正言顺的把握朝政，她把自己亲妹妹
年仅四岁的儿子推上了皇位。为嗣皇帝，两宫太后垂帘听政。以第二年为光绪元年。
1879年四月，日本侵占琉球群岛，改名为冲绳，并判决最后一位琉球国国王尚泰流放到东京。
1880年正月，命曾纪泽为出使俄国的大臣，改议条约。三月，左宗棠屯守哈密，准备进军收复伊犁。
七月，下诏召回左宗棠。1881年三月，慈安太后逝于钟粹宫，上谥为孝贞皇后。
1884年三月，慈禧太后以恭亲王奕訢因循贻误罢军机大臣，家居养疾。史称“甲申易枢”。
1887年正月，载湉始亲政，为了归政后更有效地控制载湉，慈禧太后把自己的内侄女叶赫那拉氏
给载湉做皇后，即后来的隆裕太后。
1889年正月册封皇后，二月，慈禧太后归政。但并不意味着她甘心让光绪帝行使皇权，而是在归政前
后搞了一连串的活动，在文武官员的安排任命上多用对其效忠之人，以至于光绪帝亲政之时所面对
的几乎尽是太后听政与训政时期的重臣。为便于把握光绪帝的动向，要求光绪帝每日到颐和园向她请安
，亲政后的光绪帝必须将朝中大事向她“禀白而后行”。
1894年，甲午农民战争爆发，日本借口保护侨民，增兵朝鲜，蓄意挑起中日战争。
光绪帝也毅然决定对日宣战。他多次下令加兵筹饷，停止慈禧太后挪用海军军费修建颐和园，
但是李鸿章没有听取载湉的谕旨。鸭绿江江防之战失利，日本乘势发起辽东战役，连陷九连、凤凰诸城。
大连、旅顺相继失守。在威海卫战役中日军夺中国兵舰，中国海军覆丧殆尽。
1895年三月，李鸿章在日本抱着“宗社为重，边徼为轻”的宗旨，与日方草签了《马关条约》。
由于该约内容苛刻，光绪帝以割地太多为由，表示对该约“不允”，拒绝签字用宝。
慈禧太后在这时也指令必须批准和约，光绪帝被迫在《马关条约》上签了字。
1896年四月，沙俄诱订《中俄密约》，攫取中东铁路权，将侵略势力伸入东北三省。
1897年十月，巨野教案发生，德国以此强占胶州湾，引发帝国主义瓜分中国狂潮。